Вангую что в запросе что-то типа селект * , соответственно айди тупо переписывается. Создайте алиас для нужного поля, типа comments.id as comment_id, users.id as user_id
Если используется построитель запросов, укажите какие поля нужны и выставите алиасы через встроенные методы.