Как и с любым иным компонентом vue - не через залезание руками в api\dom.
Просто делаете v-if="showSwiper" и переключаете, соответственно, this.showSwiper. Если v-if="false" компонент будет разрушен и всё.
// Нормальные компоненты производят всю необходимую очистку внутри себя сами по автоматическому хуку destroy, и вам не надо не о чём заботиться. Иногда конечно встречается кривое г-но с текущей памятью, но в таких случях проще самому написать компонент с нуля.
P,S. Никогда не используйте в одном компоненте одновременно setup и methods, вообще никогда. Либо одно либо другое. Это разная парадигма.