Воспользуйся findstr (аналог grep из мира linux, ищет подстроку в тексте)
dir /s/b /A:D "Internet Explorer" | findstr /C:"\\Program Files\\"
правда это ищет \Program Files\ в пути, не обращая внимания сначала ли она или с конца, но там есть поддержка регулярных выражений,
ковыряйся