rails server -p 3000 -e production
этой командой вы поднимаете webrick встроенный, а не пассажир с nginx
1) Проверьте пути, если деплоите капистраной должно быть /home/deploy/myapp/current
2) Посмотрите в error.log nginx и включите лог пассажира
https://www.phusionpassenger.com/documentation/Use...
3) Пассажир мониторит время обновления файлика tmp/restart.txt достаточно сделать touch tmp/restart.txt для того чтобы пассажир перечитал код приложения