Директория app находится на два уровня выше директории php в которой размещён Dockerfile - поменяй путь в директиве COPY
И
WORKDIR /app
создаёт директорию и делает её текущей, так что должно быть
COPY ../../app .
PS
Никогда не используй Alpine образы ни для чего - этот дистрибутив оптимизирован для встраевыемых устройств с единицами мегабайт оперативной памяти и процессором с одним ядром, там вместо libc использован суррогат musl с неэффективным на б̀ольших объёмах памяти аллокатором, к тому же она не так сильно распростронена, как libc, что увеличивает вероятность столкнуться с чем нибудь вроде segmentation fault. К тому же часть пакетов в собранном виде отсутствует из-за чего во время установки происходит их сборка, что занимает значительное время, да и образ в итоге получается очень большим (компилятор то никто не умеет настраивать)
Используй debian-slim и PHP устанавливай из
Sury репозитория - установка произойдёт очень быстро, а итоговый образ будет компактным (если, конечно, не забывать стирать списки пакетов и кеши на том же слое, где они были созданы)
PPS
# Remove Cache
RUN rm -rf /var/cache/apk/*
Удалять что либо на следующем слое бесполезно - там Copy on Write файловай система и всё что было на предыдущем слое создано там и останется