Приехали, Андрей! Вы тогда не понимаете, как работает USB. Микроконтроллер - это оконечное устройство, управляемое со стороны ПК, то есть через программу, написанную на Qt Creater. Те есть, должен быть модуль управления периферийным устройством, входящей в ПО, написанный на Qt Creater.