Если после этой ошибки приходится перезапускать MySQL - проблема скорее всего в нём или его базовой ОС, причём проблема системная.
Если достаточно перезапустить приложение - проблема скорее всего в нём, коннекторе или локальной для приложения ОС.
Если достаточно повторно выполнить запрос - проблема скорее всего в конкурентных приложению процессах и/или соединениях.
Если другие запросы выполняются нормально - проблема скорее всего в неоптимальном запросе и/или отсутствии нужных индексов, плюс выросший объём данных.