Насчет command line не уверен, но можно посмотреть в сторону AIMP2 AudioConverter (Входит в комплект AIMP). Обычные cd грабит хорошо. Насчет 5.1 не проверял. Бесплатный.
А еще, если это какой-то альбом какого-то исполнителя, то можно поискать на трекерах уже сконвертированый.
Конвертер AIMP, как оказалось, ничего не знает про 6-канальный wav — воспринимает всё как stereo. Соответственно, на выходе получаются те же шесть каналов.