какой логической операцией хотите два класса сочетать?
класс1 И класс2 — чтобы непременно оба были в наличии у элемента, и тогда только его брать;
класс1 ИЛИ класс2 — достаточно любого одного из двух, ну или оба, вообще супер.
Чтобы непременно оба класса одновременно присутствовали:
document.querySelector('.popup__close.popup__area'); // без пробела
Чтобы хотя бы один был:
document.querySelector('.popup__close, .popup__area'); // через запятую
Ну и помните, разумеется, что
querySelector() выбирает первый подходящий найденный элемент. Один.
А
querySelectorAll() выберет все подходящие.