Но в mysql есть же json поля, что если построить нужное дерево в виде json
... то получится база, в которую удобно записывать, в которой удобно хранить, из которой удобно извлекать - и всё. Любые другие действия - поиск, изменение, сортировка, парсинг и пр.- совершенно неудобны. И с производительностью у них не очень. Так что лучше прикопать эту идею по-тихому, чтобы никто не заметил.
Кстати, ковыряние JSON руками... либо JSON не более сотни байт, либо ни разу не развлечение (если ты не мазохист, конечно).