Как мне настроить эти интерфейсы для каждого пользователя отдельно?
А почему под пользователями подразумеваются сетевые интерфейсы микротика? На одном интерфейсе может быть много пользователей.
Если задача пустить трафик в определенный wireguard интерфейс с определенного сетевого интерфейса - это одно, а если задача пустить трафик от конкретного пользователя сети (с его уникальным во внутренней сети IP) - то это другое.
Игрался с маркировкой, манглами и роутингом - не получается
Наверное плохо пытался. У пользователя есть его IP (например 192.168.1.3) в mangle выставляем его IP, дальше стандартно, в Action выставляем mark connection и выбираем маркировку.