Конечно же можно. Но это весьма нетиповая задача, и поэтому нельзя ожидать готовых решений.
Как одно из простейших, можно сделать бота на вебхуках и обойтись одним скриптом. При запуске инициализируем управляющего бота и по очереди всех клиентских ботов, вызываем от них метод set_webhook. Например, делаем что-то типа site.ru/webhook/control и site.ru/webhook/{bot_token}. Затем запускаем основной метод используемого фреймворка (например, flask или aiohttp).
Описываем два обработчика, /webhook/control для управляющего бота и /wehook/{bot_token} для клиентских ботов. В управляющем обрабатываем запросы на добавление/изменение/удаление. В клиентском из пути в запросе берём токен бота, создаём объект бота с токеном (вариант - можно держать готовый словарь из объектов бота с ключом по токену, маленькая оптимизация) и вызываем от него метод process_new_updates (или какой там используется в любимой библиотеке).
Это общий план, не руководство к обязательному исполнению. Разумеется, многое может сильно зависеть от задачи. Например, если выполняемые ботом операции делают много процессорных операций, то может быть будет лучше запускать ботов отдельными скриптами или использовать треды. Если требуют времени, но зависят от ввода-вывода (базы данных, сторонние API итд) - asyncio. Нужно много памяти/процессора - запускать в kubernetes/swarm/виртуалках/итд. Сложный проект может потребовать сложных решений.