При взаимодействии с объектом на сцене, через триггер, он добавляется в список, откуда потом вызывается, но мне нужно удалить данный объект со сцены, а удаляя его он удаляется и из списка. Потому вопрос-как добавить в список не сам gameObject, а его Prefab?
Зачем удалять объект, если его можно отключать? Или как и сказал автор прошлого ответа можно создать List и компонент с id типа int, а затем получать GO вместе с id.
