А) Запускай скрипт как суб-процесс через os.system() / subprocess / вариации на тему. Годится, если скрипт-сервис должен быть изолирован от основного скрипта.
Б) импортируй модуль через importlib. Каждый модуль должен иметь точку входа, скажем, класс или функцию с заданным именем, которую основная программа активирует. Более тесное взаимодействие, со всеми плюсами и минусами.