Сделано все по инструкции,
Создать проект:
phonegap create test3
Зашли в него:
cd test3/
Добавить платформу:
cordova platform add ios
Добавили плагин:
cordova plugin add org.apache.cordova.media
В файле config.xml плагин подключен:
Собрали проект:
phonegap build ios
В коде попытались воспроизвести файл:
var my_media = new Media('http://site.ru/file.mp3',
        // success callback
        function () {
            alert("playAudio():Audio Success");
        },
        // error callback
        function (err) {
            alert("playAudio():Audio Error: " + err);
        }
    );
    // Play audio
    my_media.play();
На что получаем такое:
ReferenceError: Can't find variable: Media (16:08:09:495 | error, javascript)
Как я понял не подключается плагин...
Пробовал запускать приложение в эмуляторе, и отлаживать на iPhone через Safari (в NetBeans есть такая функция)