sqlite3 требует доступ к файлу именно как к файлу. Так что тебе придётся подмонтировать каталог с базой к целевой машине, тем или иным способом. Под виндой скорее всего только webdav, под никсами вариантов больше.
Ну и да, sqlite НЕ рассчитана на одновременный доступ, так что если с этой базой кто-то одновременно работает на сервере и на целевой машине, есть шансы что она поломается.
Так что от "никакая другая" лучше отказаться при первой возможности.
А для отладочных целей лучше скопировать базу и гонять скрипт на копии, чтобы не угробить "боевую".
