Загружаете от пользователя PDF и PNG.
ImageMagick для получения картинок экранного качества для того и другого.
Выдаете эти картинки пользователю на странице, маетесь с JS, позволяя перетащить одно относительно другого. Получаете координаты.
В mPDF используете изначальный PDF как фон, на него накладываете PNG по координатам, генерируете новый PDF и отдаете пользователю.
Основа такая. По ходу будут сложности типа необходимости правильно смасштабировать тот PNG - но это уж решайте сами, если справитесь с основой.
З.Ы. А мечты о том, чтобы "редактировать PDF" (и уж тем более сделать по этому поводу что-то свое) выкиньте сразу. Даже создатель формата - гигант Adobe - не смог сделать вменяемого редактора этого формата. Формат изначально заточен под вывод, а не для правки.