Пробовал преобразовать bob в массив, производить все манипуляции, но его потом отказывается принимать сервер. Как можно удалять выбранные файлы из инпута?
Max89, В input.files находится "массив" blob-ов - FileList, вам нужно в пустой FormData добавить нужные по индексу blob-ы, например:
formData.append(input.name, input.files[0])
formData.append(input.name, input.files[2])