Читал, что при использовании JOIN индексирование бесполезно
Чушь, ни читай такое больше
По связям - показывай структуру таблиц, описывай примерно какие данные надо доставать, посмотрим.
Пока вопрос слишком абстрактный и на него можно дать только не менее абстрактные (и оттого абсолютно бесполезные) ответы