Начните тупо с .htaccess. Потом проверьте правила в роутере, потмо проверяйте именования файлов и их вызов.В линуксе заглавная и строчная - два разных символа и если на локалхосте в винде Controller_Common может обращаться к файлам Common.php и common.php, то в линуксе только к Common.php. такая же ботва с моделями, вьюхами и хелперами. То бишь у вас вызывается контроллер с большой буквы, а в файлах он назван с маленькой.