если я правильно понимаю, прописан именно относительный путь: href="main.css"
Данный "относительный" путь будет работать только с файлами в одной директории. Относительный путь для файлов на хостинге в идеале должен быть указан от корня сайта, например /css/main.css, где первый слеш указывает на корень носителя, на диске это будет корень раздела (то есть аналогично c:\css\main.css в среде виндоус, или прям от корня разделов в линухе), в вебе это корень сайта -
https://mydomain.tld/css/main.css
.
То же самое для изображений в файле стилей, но там чаще всего идут от расположения самого файла, из которого запрашивается картинка, что-то типа ../images/bg.png, где .. означает "на уровень выше текущей папки", /images/ соответственно папка где лежит ресурс. В такой записи проще привязывать пути для изображений, независимо от папок, куда будут класть цсс, главное чтобы структура вложенности папок оставалась такой-же.