но работать всё равно не будет...
если Вы объявляете функции внутри другой функции, и хотите получить к ним доступ из вне... то предположительно это должна быть либо функция
конструктор или
класс
тогда app.js будет вот таким:
let Func = require("./functions.js");
let func_create = new Func();
console.log(func_create.time());
А если отвечать на вопрос почему выходит именно такая ошибка, то интерпретатор ищет у импортированной функции свойство
time, оно не задано, то есть
undefined, то есть не является функцией