Почему так происходит? Сайты все работают.
В текущих реалиях вывод утилиты
ping имеет довольно касательное отношение к работоспособности сервисов. В данном случае, скорее всего, по какой-либо причине фильтруются icmp-пакеты.
А какой то альтернативный вариант пингования сайта есть?
Если под "пингованием сайта" вы подразумеваете проверку работоспособности сервиса (веб-сервиса в данном случае), то для этого наиболее логично пользоваться соответствующим клиентом (т.е. веб-браузером). Во многих случаях поведение клиента можно эмулировать, в случае веб - при помощи netcat, telnet (telnet www.ya.ru 80, далее в консоли HEAD / HTTP/1.0), curl, wget, самодельного скрипта.