Если я правильно понял задачу, то вы хотите, чтобы у вас была фильтрация в таблице по статусу, но у вас 1 и тот же статус может иметь разные ID. Тогда решаем 2 задачи:
1. Объединение ID по названию в фильтре
2. Фильтрация основной таблице.
Если вы хотите, чтобы в выпадающем списке не было дублей, то вам правильно написали, воспользуйтесь GROUP BY. Сделайте запрос типа
SELECT GROUP_CONCAT(DISTINCT status_id) as ids, status FROM table GROUP BY status
дальше дублей не будет. Полученное значение ids уже можно использовать в фильтрации через WHERE IN, если поле пришло ненулевое.
Ну а вообще, если честно, то у вас таблица выглядит ненормализованной, подумайте, почему так получилось. Может можно как-то разделить таблицу, вынести часть полей в другую, тогда исчезнет дублирование данных и подобные сложные запросы упростятся