Управление можно реализовать кучей разных способов.
Например, если в боте совсем немного настроек, то можно сделать конфиг-файл и перезапускать бота. Или пусть он сам регулярно перечитывает конфиг.
Можно реализовать командами в самом боте. В том числе сделать так, чтобы управляющие команды работали только у пользователей из выделенного списка администраторов.
Можно сделать так, чтобы данные бота хранились исключительно в базе, и настраивать его через прямое редактирование базы. Или написать отдельное приложение для редактирования базы. Можно web, можно cli, можно gui...
Можно сделать web-интерфейс в самом боте. Особенно если он и так на вебхуках, то есть веб-сервер у него будет в комплекте изначально.
Можно сделать вообще API-интерфейс в боте. И к нему клиента. Можно web/cli/gui, а можно даже мобильное приложение.
В общем, море вариантов, и никто, кроме тебя, не может принять решение, исходя из сложности самого бота, требованиям к разработке управленческого интерфейса, собственных компетенций, наличия времени, в конце концов (супер-идея потребует супер-затрат).