Не очень понятно, что ты имеешь ввиду. cv2 всегда сообщает клики в координатах окна. Они, как правило, совпадают с координатами внутри показанного в окне изображения: та же точка отсчёта, то же направление осей, масштаб 1:1. Единственное отличие - если ты увеличил размер окна, клик может оказаться за пределами показанного изображения.
Если тебе нужна другая координатная система, пересчитывай координаты сам.