Ftp. Вы точно файлы в корень сайта положили?
Попробуйте составить текстовый файл, например index.txt, с неким текстом, и положите его в корень сайта. Попробуйте к нему обратиться.
Если получите ошибку, то переименуйте файл .htaccess и попробуйте снова обратиться к вашему текстовому файлу. Если ошибки нет, значит ошибка у вас в .htaccess, если ошибка есть, то ищите в серверном обеспечении.
В таком виде на вопрос не ответить. Причина может быть любой.
Надо смотреть логи веб сервера, на предмет того, что собственно вызывает ошибку. Дальше решать найденную проблему.
