@JaneHolland смотрите, у вас есть файлик index.php. Все запросы идут на него в таком виде:
index.php/user/foobar
в index.php можно будет вычленить эту вот строку: /user/foobar и разобрать ее по правилам. Это называется "маршрутизация". Писать самому подобную штуку можно, но проще взять готовое нормальное решение.
index.php из урлов скрывается уже в htaccess или в настройках хоста. Таким образом у нас уменьшается зависимость от web сервера, мы вольны делать все так как хотим и не нужно будет постоянно мудохаться с этими htaccess.