Создать новый шаблон, менять те файлы который новая верстка затрагивает, и мигрируете из старого файла в новый всю логику шаблона(которая нужна) из дефолтной темы.
Т.е там логика работате так, если мы добавляете шаблон header.tpl(пустой), то он игнорируется в шаблоне default, и подтягивается из вашего. Дефолтную тему лучше не трогать вообще.