Репозиторий говорит сам за себя, это хранилище. С ним вы общаетесь чтобы получить моковую или реальную информацию.
QueryBuilder - конструктор запросов.
Из выше сказанного можно построить следующую цепочку:
Service запрашивает какие-то данные =>
QueryBuilder строит запрос для указанного репозитория =>
EntityManager поиск по всем репозиториям =>
1 Respository
2 Respository
3Respository