Из-за чего при импорте товаров могло перестать создаваться категории?
Ответ на этот вопрос можно дать только после полного анализа следующих факторов:
1. Коробка/Облако? Если коробка, какой версии.
2. Нужно предоставить файл для анализа
Рекомендую с этим вопросом и файлом обратиться в техническую поддержку Битрикс24 сразу предоставив файл.
И как прописать категории более 4-ого уровня
Насколько я знаю, там дело в самом парсере - он не рассчитан больше чем на 3 уровня.