Тут ответ простой. Если вы задаёте такой вопрос, причем именно вот в такой обобщенной формулировке, то вам следует использовать штатный ORM типовым образом.
Поскольку в вопросе нет никакой конкретики по поводу проблем, которые автор вопроса собирается решать на чистом SQL, можно исходить из предпосылки, что таких проблем нет.
Как только будут озвучены конкретные проблемы, можно будет говорить и как их решать. К примеру это могут быть вопросы оптимизации или вопросы представления очень специфических структур данных, плохо или нестандартно ложащихся на реляционную модель.
Если опыта работы с Django ещё мало, то стоит руководствоваться best practices в рамках концепции фреймворка. В таком случае вы найдёте больше простых примеров и документации по любым вопросам.
Как только вы столкнётесь с настолько специфическими задачами, что они будут плохо решаться стандартными методами, у вас будет уже гораздо больше опыта и этот вопрос отпадёт сам собой.
ИМХО.