У меня была подобная задача, нужно было перезапускать сервис по команде боту.
Используя python-telegram-bot никаким образом завершить скрипт из него самого не получалось, я перезапускал бота внешней командой в оболочку (terminal/shell/bash).
В моём случае бот запущен в Linux через systemd в качестве пользовательского сервиса.
Функция выглядит там:
def cmd_restart_service(update, context):
if update.message.from_user.id == XXX:
import subprocess
update.message.reply_text("Будет исполнено...")
subprocess.run("systemctl --user restart mybot.service".split())
else:
update.message.reply_text("Ай! Не делай так больше...")
Вместо "XXX" указан мой id telegram, чтобы никто не баловался.