laravel.ru/articles/odd_bod/eloquent-tutorial почитайте этот мануал, тут подробно написано как использовать Многое-ко-многим.
Исходя из вопроса я так понимаю что Вы полагаетесь на магию, и думаете что Eloquent создаст за Вас все необходимые таблицы для связи? или я не понял вопроса?
Так или иначе если я понял правильно, то Вам просто необходимо будет создать таблицы, будь то миграции или обычный PhpMyAdmin. А в Eloquent Вы указываете куда конкретно смотреть при обращении многое-ко-многим