На любом HDD есть наклейка, на ней написано, сколько вольт и ампер он потребляет. Если вольты умножить на амперы, да ещё потом сложить потребление по 5 и 12 вольтам, получим ватты потребляемой мощности. Вся эта мощность при работе переходит в тепло (за исключением исчезающе малой доли, уходящей в ЭМ-излучение). Для HDD формата 2,5 есть только 5-вольтовое питание, и ток там обычно не превышает 0,5 ампера, т.е. потребляемая мощность вообще мизерная - 2,5 ватт. Вряд ли она может ощутимо нагреть довольно массивный корпус.
Так что при пользовании HDD перегрев должен вас интересовать в последнюю очередь, там есть проблемы поважнее. И если он греется реально - значит, имеет место быть реальная неисправность.