Как правило, точкой входа в бота является функция, которая уходит в вечный цикл и сидит там. Код после этой функции тупо не выполнится, пока бот не завершит работу.
Таким образом, при попытке активировать двух ботов "наивным" образом работать будет только первый.
Тебе придётся запускать их в разных потоках или даже в разных процессах.