Именно так и узнавать текущий путь: %CD%
Это не важно где лежит батник, т.к. исполняется не сам батник, а cmd.exe. Т.е. когда вы 2ПКМите на батнике, лежащем на раб.столе запускается команда: cmd.exe /c c:\users\user\Desktop\file.bat
При этом путь где лежит батник никакого отношения к текущему пути не имеет. cmd.exe обычно запускается с текущим каталогом %SystemRoot%\System32.
Чтоб перейти в каталог, где лежит батник, используйте команду: cd /d "%~dp0"
Пути можно получать из параметров батника, указанным способом, то же самое можно делать для переменных цикла, и параметров процедур. Список доступных модификаторов (буквы после %~ доступны в описании команд call и for.
