Set
удобен, например, когда нужно оставить из набора данных только уникальные.const data = [ 1, 2, 2, 3, 3, 3 ];
const unique = [...new Set(data)];
unique // [ 1, 2, 3 ]
Map
хорош тем, что ключами в нём могут быть и объекты. Например, HTML-элементы, для которых захочется хранить какие-то данные. И Map запоминает порядок добавления элементов, что может быть полезно при переборе.