Решил проблему так:
@echo off
set source1=C:\users\username\folder1
set dest1=C:\users\username\folder2
if not exist “C:\users\username\folder1\*.*” goto :end
Если нет файлов просто закрывается
if exist “C:\users\username\folder1\*SD12.sd*” goto :start
Если есть файл, который долго обрабатывается - начинает идти обратный отсчет до перемещения
if not exist “C:\users\username\folder1\*SD12.sd*” goto :faststart
Если есть любой файл кроме тяжелого переносит все сразу
:faststart
dir %source1% /a-d /b&&move /y %source1%\*.* %dest1%
exit
:start
timeout /t 60 /nobreak
dir %source1% /a-d /b&&move /y %source1%\*.* %dest1%
exit
:end
exit