Если не представляете себе, как работает сборка из исходников - лучше за пределы yum install не выходить. А если уже решили рискнуть - то обязательно сохранить каталог сборки и протокол установки (вместо make install делать make install >& install.log - так по крайней мере можно будет потом восстановить куда что легло).
В данном случае я думаю, будеь достаточно вернуть линк на системный perl. CentOS - пакетная система, она весьма нервно относится к установке чего-либо кроме как из пакетов и конечно же ничего об этом не знает. Поэтому, если ставите что-то вручную - то категорически нельзя это размещать в /usr! Ставьте в /usr/local, в /opt, куда угодно, но не портите /usr - особенно в пакетных системах - это может весьма болезненно аукнуться.