Суть проблемы заключалась в том, что у меня разметка второго слоя модальных окон попала в границу разметки основного слоя. Как только вынес модалки из разметки - начало корректно закрываться. Но возникла еще одна проблема - появляется вторая полоса прокрутки. Подсмотренное решение:
$('.modal').on('shown.bs.modal', function (e) {
jQuery("html").addClass("modal-open");
});
$('.modal').on('hide.bs.modal', function (e) {
jQuery("html").removeClass("modal-open");
});