Не конфликтуют, если сидят на разных портах.
Часто делают так - ноду вешают на порт 3000, и прокидывают вызовы на неё через внешний фронтенд типа nginx, который слушает стандартный 80-й порт. В принципе, можно проксировать ноду и апачем, но не уверен что это хорошая идея - апач не самая шустрая штука. Если хочется иметь несколько сайтов на разных платформах на одном сервере, то лучшим выбором будет поставить nginx фронтендом, и через него использовать и apache, и node.js.
А сайты на php можно и вообще без апача запускать, прямо через nginx. Разберитесь с этим, будет хороший профит.