Конечно можно, обмен и не будет затрагивать созданные вручную элементы, если вы (один из вариантов):
1) Выгружаете данные из 1С в режиме изменений
2) Если используете полную выгрузку, то выключите в настройках "Что делать с товарами, отсутствующими в файле импорта" (тут /bitrix/admin/1c_admin.php?lang=ru)
Ну и третий вариант, если ничего из предложенного выше не помогло - это добавить обработчик на событие изменение элемента и перед тем, как его менять установить проверку: если запрос пришел из обмена и допустим внешний код элемента равен ID элемента (обычно если элемент создан вручную, то внешний код элемента равен ID элемента) то пропускать его изменение.