Если отвечать на вопрос из заголовка, то да - можно.
Тот же RavenDB к примеру на C# полностью написан.
Есть и всякие встраиваемые, типа LiteDB.
А если отвечать на вопрос из описания
из двумерных массивов
Двумерный массив - это двумерный массив.
Это просто структура данных.
Сможешь ли ты сделать СУБД с его помощью или без - зависит только от тебя.