1. Если это пет-проект, храните хоть в облачном хранилище, главное, чтобы вы понимали структуру и могли его масштабировать в случае необходимости
2. Если это сторонний проект, над которым вы работаете, то храните так, чтобы структура вашего проекта была понятна любому другому разработчику.