так вроде вы все правильно расписали:
1. Да /catalog/ - исходный шаблон.
2. storage/modification/ - готовые файлы после применения модификаторов.
3. Если редактировать через админку - то изменения сохраняются в базе данных oc_theme, и грузятся оттуда. Кстати, там есть отдельный кэш "theme"
https://disk.yandex.com/i/fmy0H_BzA-Zpjg, попробуйте сбросить его, если сделанные изменения не видны.
ИМХО, конечно, проще в ftp менять данные в /catalog/. После редактирования обновить модификаторы и если нужно, то и кэш. Если нужно быстро посмотреть те или иные изменения, можно вносить временные правки прямо в папку с модификаторами - а то порой задалбывает очищать модификаторы по сто раз, а тут внес - посмотрел - норм, потом уже переписал в основной файл в /catalog/
p.s. если важно, чтобы изменения не затирались при обновлении, допустим, темы или cms, то лучше их делать модификаторами.