Если делать из phpmyadmin стандартный экспорт, то перед импортом нужно удалить старые таблицы в БД. Это проще всего.
Можно в настройках импорта выгрузить только данные, без структуры таблиц, но, вероятно нарушение структуры данных из-за конфликтов id, если в таблицах уже есть данные. Не проверял.
Кстати, БД большая, рекомендую для импорта bigdump.php