фильтрацию по значению лучше проводить с помощью сторонних инструментов оптимизированных по максимуму
например grep отфильтрует по содержимому строки, можно по регулярке
а из php работать с помощь - fopen, цикл !feof и fgetcsv
p.s. fgetcsv сильно медленней простого чтения по строкам fgets, но он умеет читать строки с экранированными ковычками '"', так что если таковых нет то работай с текстом напрямую