Через WinAPI найти окно рабочего стола. Вроде как их может быть два, одно с иконками, одно с фоном. Гугл подскажет, какой класс окна там нужен. Начать можно с FindWindow(), потом, если надо, пройтись по иерархии окон через EnumChildWindows().
А дальше практичнее всего разместить своё окно как дочернее от найденного. Тогда можно будет рисовать на своём окне что захочешь. SetParent() в помощь. Само окно по идее можно создать и через GUI фреймворк, а не через API, но тогда придётся модифицировать стили окна.
Дергать WinAPI из-под Питона неудобно, но модуль ctypes поможет.