Так помечаются файлы и директории, попадающие под .gitignore.
Отключить можно в Settings -> Advanced Settings -> Highlight ignored files, но зачем...
P.S. Похоже, что вы про жёлтый фон, а не про node_modules? Ну, тем не менее пусть ответ остаётся, может, из поиска кто потом на него придёт именно с этим запросом.